Facturation électronique : quelles conséquences pour les professionnels de santé ?

Comme tous les professionnels libéraux, vous êtes concernés par le passage à la facturation électronique. Dans une moindre mesure toutefois puisque la très grande majorité de vos prestations est exonérée de TVA. Décryptage des changements à venir entre le 1^er septembre 2026 et le 1^er septembre 2027.

1 – L’obligation vise à sécuriser le paiement de la TVA

Si l’Etat a choisi de généraliser la facturation électronique, c’est en particulier pour s’assurer d’encaisser de façon plus sécurisée la taxe sur la valeur ajoutée (TVA). En effet, chaque année, entre 10 et 20 milliards d’euros de TVA sont détournés frauduleusement. Or, cette taxe est essentielle au budget de la France puisqu’elle représente plus de 35 % des recettes fiscales. L’objectif pour l’Etat est également d’avoir une vision plus précise de la situation économique du pays tout en réduisant les coûts et les délais de paiement de la taxe. Pour les acteurs économiques, la facturation électronique réduit les formalités administratives. Finies les déclarations mensuelles ou trimestrielles de TVA, le delta entre TVA reçue et TVA versée sera calculé en flux continu.

Pas d’impact sur les logiciels métiers
Vos solutions numériques de gestion du cabinet ne sont pas impactées par ce changement. Vous pouvez continuer à facturer normalement.

2 – Une facture électronique est comme une FSE : protégée et inviolable

Cette nouvelle facturation va être généralisée à tous les acteurs économiques (entreprises assujetties à la TVA). Elle vise à faire disparaître les factures papier établies à la main ou encore les documents PDF. Ces documents, encore très utilisés, présentent le désavantage d’être également très falsifiables. La facture électronique est dématérialisée et surtout répond à l’un des trois standards numériques retenus par le gouvernement : Facture-X,  UBL ou CII.  Ces standards assurent la véracité et la protection des données. C’est pourquoi la facture électronique doit être réalisée via un logiciel de facturation.

3 – La clef du dispositif : une plateforme agrée

Les factures électroniques vont transiter par des plateformes agréées. Le principe est simple : une entreprise A émet une facture à destination d’une entreprise B. Elle la dépose sur la plateforme qu’elle a choisie. La facture est alors automatiquement adressée à la plateforme de l’entreprise B.  L’entreprise B n’aura plus qu’à se connecter pour la récupérer. L’agrément des plateformes est dans sa phase finale. A début mai 2026, 127 plateformes ont été agréées par l’Etat et 20 autres sont en cours d’enregistrement.

4 – La facturation électronique concerne uniquement les frais hors nomenclature

Tout ce qui relève de l’article 261-4 du Code général des Impôts, c’est-à-dire pour faire simple, des nomenclatures NGAP et CCAM, est exonéré de TVA et donc de facturation électronique. Ce qui veut dire que pour les professionnels de santé, il n’y a pas de changement majeur. Seuls sont concernés les actes hors nomenclature. S’il s’agit par exemple, de séances de remises en forme réalisées dans une entreprise soumise à la TVA, il faudra alors émettre une facture électronique pour ce client. En revanche, si vous facturez des soins esthétiques à un patient, vous n’êtes pas obligé de respecter l’obligation. Toutefois, vous devrez, à intervalles réguliers, déclarer ces prestations, leur montant et leur mode de facturation sur la plateforme agréée.

Le cas particulier des rétrocessions
Les rétrocessions qui portent sur les facturations de soins (NGAP et CCAM) sont exonérées de TVA et donc de facturation électronique. Les rémunérations liées à la mise à disposition d’espaces, de locaux, etc., seront elles soumises à la facturation électronique en septembre. 2027.

5 – Deux échéances en septembre 2026 et 2027

La facturation électronique se met en place progressivement. C’est seulement au 1^er septembre 2027 que les professionnels de santé comme les PME et TPE devront passer effectivement à la facture électronique. En revanche, dès le 1^er septembre 2026, les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI) vont éditer toutes leurs factures par ce système. C’est pourquoi, à cette date, vous devrez avoir adhéré à une plateforme agréée puisque ce sera désormais l’unique moyen de recevoir toutes vos factures professionnelles : électricité, chauffage, leasing de la voiture, etc.  Pour choisir votre plateforme, vous pouvez vous rapprocher de votre expert-comptable ou de votre solution métier numérique.